임원 퇴직연금 부담금 손금산입 한도 - 확정기여형 전액 인정과 퇴직 시점 판단

2016년에 제조업 법인을 세운 대표가 있습니다. 설립 이듬해에 임원과 직원을 모두 확정기여형 퇴직연금에 가입시켰습니다. 매년 정해진 부담금을 금융기관에 넣었고, 회계 담당자는 그 금액을 그해 비용으로 처리했습니다. 법인세 신고에서 손금 부인을 받은 적은 한 번도 없었습니다.

2026년에 대표가 물러나기로 했습니다. 마지막 해의 부담금도 예년과 같이 넣었습니다. 그런데 담당 세무대리인이 이런 말을 했습니다. 올해 낸 부담금은 손금으로 들어가지 않고, 그것으로도 모자라 일부는 익금으로 잡아야 한다는 것이었습니다.

대표는 이해하지 못했습니다. 10년 동안 같은 방식으로 처리했고 아무 지적이 없었습니다. 바뀐 것은 하나뿐입니다. 올해가 퇴직하는 해라는 것입니다.

「확정기여형은 전액 손금」이라는 설명은 틀리지 않았습니다

검색해 보면 확정기여형 퇴직연금 부담금은 전액 손금에 산입된다는 설명이 나옵니다. 그 설명은 조문 그대로입니다.

문제는 그 문장이 거기서 끝나지 않는다는 데 있습니다. 같은 항에 단서가 붙어 있고, 그 단서가 임원을 따로 떼어 냅니다. 오해가 세 층으로 겹칩니다.

단서 한 문장이 임원을 따로 떼어 냅니다

읽어야 하는 대목이 셋입니다.

첫째, 임원 부담금은 퇴직 시까지 부담한 합계액을 퇴직급여로 봅니다. 그해에 낸 금액이 아니라 제도를 설정한 이후 쌓인 누적 금액입니다.

둘째, 그 합계액에 법인세법 시행령 제44조 제4항의 손금산입 한도를 적용합니다. 이 조문이 한도를 새로 만들지 않고 임원 퇴직급여 한도를 그대로 끌어옵니다. 그 한도가 무엇을 기준으로 정해지는지는 정관에 얼마로 써 두든 퇴직소득으로 인정되는 한도가 따로 있다는 글에서 따로 다뤘습니다.

셋째, 그 판단을 퇴직일이 속하는 사업연도에 합니다. 부담금을 낸 해가 아닙니다.

대법원도 같은 결론에 이르렀습니다. 부담금은 낸 해에 전액 손금이 되고 한도는 퇴직하는 해에 판단한다는 것입니다(대법원 2016두48256).

관문이 둘인데, 두 관문이 열리는 시점이 다릅니다

앞의 관문은 매년 열립니다. 뒤의 관문은 한 번만, 그것도 마지막에 닫힙니다. 직원은 앞의 관문만 지납니다. 임원은 둘을 다 지납니다.

그래서 10년 동안 지적이 없었다는 사실이 뒤의 관문을 통과했다는 증거가 되지 않습니다. 뒤의 관문은 아직 열린 적이 없었습니다.

초과액은 두 갈래로 돌아옵니다

단서는 초과액을 처리하는 순서까지 정해 두었습니다.

1. 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금 중 초과액 상당액을 손금에 산입하지 않습니다
2. 초과액이 그해 부담금보다 크면, 그 넘는 금액을 같은 사업연도의 익금에 산입합니다

순서가 중요한 이유가 있습니다. 마지막 해의 부담금이 크면 1단계에서 흡수되고 끝납니다. 그런데 마지막 해에 근무 기간이 짧아 부담금이 적게 들어갔다면 1단계로 소화되지 않고 2단계로 넘어갑니다. 같은 초과액인데 마지막 해의 부담금 크기에 따라 결과가 달라집니다.

제도별로 어느 항이 적용되는지 먼저 가립니다

제3항이 열거하는 확정기여형에는 근로자퇴직급여 보장법의 확정기여형퇴직연금과 중소기업퇴직연금기금제도, 개인형퇴직연금이 들어갑니다. 이름이 달라도 제3항 안에서는 같은 취급을 받고, 임원 단서도 똑같이 걸립니다. 어느 제도에 들어갈 수 있는지는 중소기업퇴직연금기금 가입 대상 기준을 다룬 글에서 정리했습니다.

확인 순서는 넷입니다

1. 가입자가 등기임원인지 직원인지 가립니다. 「이사」라는 직함만으로 판단하지 않습니다
2. 제도가 확정기여형인지 확정급여형인지 확인합니다. 규약에 적혀 있습니다
3. 임원 확정기여형이면 제도 설정 이후 부담금을 연도별로 모아 누적 합계를 냅니다
4. 그 합계액을 법인세법 시행령 제44조 제4항의 한도와 대조합니다

준비물은 퇴직연금 규약, 연도별 부담금 납입 내역, 정관과 임원 퇴직급여 규정입니다. 신고 단계에서는 퇴직연금부담금조정명세서를 법인세 신고와 함께 제출합니다(같은 조 제5항).

퇴직연금제도를 어느 것으로 설정할지, 임원 부담금을 매년 얼마로 정할지는 회사가 정하는 경영상의 결정입니다. 반면 퇴직 시까지 낸 부담금의 합계액이 손금산입 한도 안에 있는지를 판단해 세무조정과 법인세 신고에 반영하는 일은 담당 세무대리인의 업무입니다. 부담금을 정하는 일과 그 결과를 신고서에 적는 일은 같은 사람의 일이 아닙니다.

결과를 가르는 변수 다섯 중 회사가 손댈 수 있는 것은 하나입니다

앞의 네 칸은 전부 회사 밖의 규범이 정합니다. 손댈 수 있는 칸은 ⑤ 하나이고, 그 칸에 드는 비용은 0입니다. 연도별 납입 내역을 모아 합계를 내는 일이기 때문입니다. 퇴직하는 해에 계산하면 선택지가 없지만, 몇 해 전에 계산하면 부담금 수준을 조정할 시간이 남습니다.

해당하지 않는 경우와 오히려 손해인 경우

• 직원분은 이 단서와 무관합니다. 확정기여형 부담금은 낸 해에 전액 손금이고 그대로 끝납니다. 임원과 직원의 부담금을 한 줄로 합쳐 관리하면 구분이 어려워집니다
• 확정급여형은 제3항이 아니라 제4항입니다. 확정급여형에는 조문이 정한 한도가 처음부터 붙어 있어 구조가 다릅니다. 두 제도를 같이 운영하는 회사는 항을 나눠 봐야 합니다
• 합계액이 한도 안이면 아무 일도 일어나지 않습니다. 이 글은 초과가 생겼을 때의 처리를 다룹니다. 한도 안인 회사가 부담금을 줄일 이유는 없습니다
• 임원 부담금을 미리 줄이는 것이 언제나 유리하지는 않습니다. 부담금을 줄이면 그만큼 매년의 손금도 줄어듭니다. 퇴직 시점의 한도와 매년의 비용 인정 중 무엇이 회사에 맞는지는 숫자를 놓고 봐야 하는 문제입니다
• 퇴직급여와 상여금은 조문이 다릅니다. 임원에게 주는 돈 가운데 상여금은 또 다른 조문이 급여지급기준을 요건으로 두고 있습니다. 퇴직연금 부담금의 한도 계산에 그 요건을 그대로 옮겨 적용하지 않습니다
• 상법 쪽 요건은 이 글과 별개입니다. 손금 한도를 통과하는 것과 그 규정이 상법상 유효하게 만들어졌는지는 다른 문제입니다

정리 — 판단 기준 셋

① 확정기여형인가가 아니라 가입자가 임원인가를 먼저 봅니다.

② 손금으로 처리했는가가 아니라 퇴직하는 해에 다시 판단받는가를 봅니다.

③ 한도를 넘었는가가 아니라 초과액이 그해 부담금으로 흡수되는가를 봅니다.

부담금을 낸 해의 처리가 끝났다는 것은 그 금액이 확정됐다는 뜻이 아닙니다. 임원분은 마지막에 한 번 더 셉니다.

2026년 9월 현재 시행 중인 세법 기준이며, 이후 개정될 수 있습니다.
특정 상품이나 서비스를 권유하는 글이 아니며, 개별 사안은 담당 세무대리인의 확인이 필요합니다.

근거 조문 원문: 법인세법 시행령 제44조의2 · 법인세법 시행령 제43조